原始数据极速上传NCBI SRA教程

本文转载自“美吉生物”，己获授权，有修改。

近日依旧收到不少老师的邮件，咨询如何将数据上传NCBI数据库的。今天小美就老话再谈，各位老师跟着小美再乘坐一次极速上传SRA的高铁，准备好了吗？Let's go!!! 

老规矩，先注册一个“12306”的账号（已有账号的请跳过，*号标记必填，非*号标记可不填，下同）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/

然后找到NCBI-submit“高铁入口”售票厅，注意不要进错了，下面的普快，你懂得！

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/submit/

然后完成“实名制认证”后就可以买票上车了：

终于上车了，拿着车票左顾右盼地找到自己的座位！屁股还没坐热，乘务员MM就来查票了：

除了身份、车次信息外，还需要核对是否需要“补票”（选择新建bioproject和biosample）？ 当然，我们最关心的还是什么时候“出站”（数据的释放时间一般尽可能选择文章发表之后，后续也可以根据实际需要进行更改）！

一路颠簸之后，心中盘算着“此行的目的”（给你的实验取个名字并给出简要描述）：

昏昏沉沉小憩一阵过后，饿意来袭，打开包裹选择自己“喜欢的食物”（Sample Type：选择样本类型，参考下图选择，切勿乱选导致自己摄入过期食物而“中毒 ”（报错）！）

那如果没有带吃的怎么办？简单！到“餐车”查看售货“清单”上都有啥？(下载下图红框标识文件)：

选择合乎口味的物品加入“购物车”（tsv文件，可用EXCEL打开，每列表格都有固定格式，特别是organism列切记准确填写，如果爆出“Warn”信息，则需要等待2个工作日方能重新进行该步骤，别问小美为什么知道，说多都是泪），然后“付款”（选择文件上传），当然他们只收“RMB”（只支持tsv或者txt格式文件上传）！

如果没看懂，不要紧，打开链接：http://www.n cbi.nlm.nih.gov/biosample /docs/submission/faq/，喝瓶原装Coca-Cola吧（说明书）！

下一步就是批量上传的关键——SRA metadata

同样的规格，不一样的表格，看下面（填写规则请查看下载的SRA_metadata表格文件sheet3中的Library and Platform Terms信息）：

乘客们注意啦！终点站即将到达，请收拾好您的 “行李”（上传原始序列文件。）准备下车！

“行李”太多、太大带不动怎么办（这里许多老师可能会遇到数据量大，上传速度慢，用ftp中断的情况），小编这里提供几种托运行李的工具供各位选择：

最简单的方法

如果您的样本少，数据量小，您可以直接选择现在通过网页上传。

最快速的方法

这里用到NCBI推荐的aspera软件(但占用带宽也很明显，我们单位被禁止使用)，下载及用法见下图：

将这些文件安装到电脑后；运行dos命令行窗口（怎么用看这个）：

试试效果咋样

命令行：

ascp -i 之前下载key文件（带上文件目录） -QT -l100m（上传最大速度） -k1 -d 数据存存放的目录（目录以“\”结尾）

[e-mail]:uploads/[e-mail]_KYyRWIub（邮箱_生成的随机码）/存放在NCBI服务器上的文件名称（自定义）/

当然100M您嫌慢，您可以往上调（反正3个样本20秒上传完毕小美已经很满足啦！）

最逼格的方法

如果您有服务器的情况下可在NCBI网页aspera下载处找到linux版本，然后本地化到服务器上（不会？很简单，找度娘）！

同样的方法在服务器里面就高大上了，有木有！

好啦！大家上传完成后就到了“终点站”（选择链接已上传的数据文件夹）；

你看“到站”了，核实一下“车站信息”：

核实没问题后，“下车”（点击submit）不一会就到“目的地”（一般半个小时后即可看到上传成功后的SRP号）啦！

不知道，小美司机这一路的引导，各位的路途是否顺利？

还没有上传过原始数据的老师赶快试试吧！

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